Подготовка пилотов осуществляется в настоящее время по направлению подготовки дипломированных специалистов 162000.65 - Эксплуатация воздушных судов и организация воздушного движения специальность 162001.65 - Эксплуатация воздушных судов и организация воздушного движения по специализации 162001.65.01 - Организация летной работы очной и заочной формам обучения.

Первый набор пилотов был осуществлен в училище в 1993 году. При плане набора 100 человек на первый курс было принято 135 курсантов.
В 1998 году 120 первых выпускников училища - пилотов получили дипломы о высшем образовании и пилотские свидетельства. Было получено много положительных отзывов о качестве их подготовки, что стало лучшей наградой для всего коллектива училища.
15 выпускников были приняты на работу в крупнейшую российскую авиакомпанию "Аэрофлот", 8 выпускников – в авиакомпанию "Волга-Днепр". 18 выпускников в том же 1998 году уже после выпуска по заявкам авиакомпаний переучились в училище на самолеты Ту-134, Ту-154, Ту-204 и другие самолнты.

Обучение пилотов осуществляется на факультете летной эксплуатации и управления воздушным движением, деканом которого является доцент В.С. Смирнов. Выпускающую кафедру летной эксплуатации воздушных судов возглавляет к.т.н., доцент В.Д. Задорожный.

Подготовка пилотов проводится на основе основной образовательной программы (ООП), разработанной в соответствии с государственным стандартом высшего профессионального образования.

На I курсе программы подготовки практически не отличаются от программ обучения в любом техническом вузе. Курсанты изучают гуманитарные, социально-экономические, математические и естественно-научные, а также общепрофессиональные дисциплины. Большое внимание уделяется изучению английского языка, который в настоящее время является в мировой гражданской авиации основным языком, на котором ведется радиообмен между экипажами воздушных судов. Поэтому наряду с общим курсом английского языка курсанты изучают разговорный английский язык. Наряду с обязательными дисциплинами учебным планом предусмотрены дисциплины по выбору курсантов.
На II курсе начинается обучение курсантов на военной кафедре по военно-учетной специальности «Применение подразделений, частей и соединений ВТА на турбовинтовых и реактивных самолетах (ВУС-061401)».

На II курсе начинается изучение специальных дисциплин для подготовки курсантов к выполнению учебных полетов на самолете первоначального обучения Як-18Т. Параллельно с теоретической подготовкой курсанты проходят тренажерную подготовку. После завершения теоретического обучения на II курсе курсанты, успешно сдавшие все зачеты и экзамены, переводятся в летный отряд для выполнения учебных полетов на самолете Як-18Т, Ан-2.

На IV курсе продолжается изучение специальных дисциплин, направленных на подготовку к выполнению учебных полетов на выпускном самолете, в качестве которого в училище используются самолеты Як-40, DA42 и Ан-26. Специально для проведения тренажерной подготовки курсантов в тренажерном комплексе училища установлены комплексные тренажеры этих самолетов, которые недавно были модернизированы. Для обучения курсантов используются также навигационные тренажеры. После завершения обучения на IV курсе курсанты, успешно сдавшие все зачеты и экзамены, переводятся в летный отряд для выполнения полетов на выпускном самолете.

На V курсе изучаются специальные дисциплины, связанные с подготовкой курсантов как линейных пилотов. На этом курсе для курсантов, обучающихся на военной кафедре, проводятся учебные сборы. Завершается обучение проведением итоговой государственной аттестации выпускников, которая включает в себя государственный экзамен по технике пилотирования, итоговый междисциплинарный экзамен по теоретическим дисциплинам и защиту выпускной квалификационной работы в форме дипломной работы.

Выпускники училища получают диплом государственного образца о высшем профессиональном образовании, свидетельство линейного пилота гражданской авиации, дающее право переучиваться практически на любой самолет гражданской авиации.

С 1995 года начата подготовка пилотов по заочной форме обучения для специалистов со средним образованием, имеющим действующие пилотские свидетельства.